В Альте очень дремучая версия apt, которую насильно дружили с rpm во времена царя Гороха, от того альтовый apt по сравнению с современным куцый, да и из-за того что там их чудо-rpm, оно даже пуржить пакеты не умеет, только удаляет. И да, если в Debian можно запросто не очкуя делать apt autoremove, то в Альте можно получить много интересного ;)

В общем на тот момент взять в качестве пакетника apt было здравой идеей на фоне остальных альтернатив, да только что apt, что пакетники в rpm лагере развились до современных вариаций и возможностей, а тот дремучий apt в Альте почти не менялся, что на сегодняшний день выглядит как завод с кривого при наличии более современных возможностей.
Но т.к. на этот apt слишком глубоко повязана альтовская архитектура и инфраструктура, то в обозримом будущем ничего не изменится в лучшую сторону в этом плане. Проще на guix перевести сизиф, чем новый apt подселять или даже dnf.